Águas de São Pedro è un comune del Brasile nello Stato di San Paolo, parte della mesoregione di Piracicaba e della microregione omonima.
Fondato il 25 giugno del 1940 da Octavio Moura Andrade, è il secondo comune più piccolo, per estensione di tutto il Brasile, dopo Santa Cruz de Minas. È uno dei quattro comuni enclave del Brasile. Gli altri tre sono: Arroio do Padre, Ladário e Portelândia.
Il comune è stato fondato attorno ad una foresta di piante medicinali e nelle vicinanze di un torrente di acqua che si dice curativa per varie malattie.
